मराठा शासन प्रणाली की प्रमुख विशेषताएँ निम्नलिखित थीं:

मराठा शासन ने एक कुशल प्रशासन के साथ शासन करने की एक नई विधि स्थापित की। उन्होंने बिना किसी धार्मिक भेदभाव के स्थानीय हिंदू परंपराओं को पुनर्जीवित किया। उनका शासन दमनकारी शासन और विदेशी प्रभुत्व के विरुद्ध स्वराज्य के ज्वलंत आदर्श से प्रेरित था।

छत्रपति शिवाजी ने अपने अधिकारियों को कठोर निर्देश दिए थे कि वे अपनी प्रजा के साथ दुर्व्यवहार न करें और न ही उनसे बलपूर्वक घास का एक तिनका भी छीनें। उन्होंने अधिकारियों को यह भी स्पष्ट किया कि अत्याचार करके प्राप्त की गई वस्तुएँ शीघ्र ही नष्ट हो जाती हैं।

प्रशासन में सहायता के लिए अष्टप्रधान मंडल या आठ मंत्रियों की परिषद् थी। इसमें केंद्र में संप्रभु छत्रपति होते थे और उनसे जुड़े आठ मंत्री थे, जिनमें प्रधान (प्रधान मंत्री/पेशवा), सचिव (भू-राजस्व मंत्री), न्यायाधीश (मुख्य न्यायाधीश), पंडितराव (धार्मिक विषयों के प्रमुख), सेनापति (प्रधान सेनापति), सुमंत (विदेश मंत्री), मंत्री (खुफिया मंत्री) और अमात्य (वित्त मंत्री) शामिल थे।

शासक के रूप में शिवाजी ने अपनी प्रजा और सैनिकों के प्रति संवेदनशीलता दिखाई। उन्होंने युद्ध में शहीद हुए सैनिकों की विधवाओं को पेंशन दी और उनके पुत्रों को सैन्य पद भी दिए। इसके अतिरिक्त, उन्होंने अपने नाम से सोने और ताँबे के सिक्के ढाले, जो उनकी संप्रभुता का प्रतीक थे और देवनागरी लिपि का प्रयोग उनकी सांस्कृतिक पहचान को दर्शाता था।