यदि सभी एककोशिकीय जीवों को एक ही जगत में रख दिया जाए, तो वर्गीकरण की मूलभूत अवधारणाओं में कई गंभीर समस्याएँ उत्पन्न होंगी। वर्गीकरण जीवों को उनकी समानताओं और भिन्नताओं के आधार पर अलग-अलग समूहों में रखता है, जिसे यह करने से अस्त-व्यस्त हो जाएगा।

सबसे पहली समस्या कोशिका संरचना के स्तर पर उत्पन्न होगी। एककोशिकीय जीव दोनों प्रकार के हो सकते हैं— पूर्वकेंद्रकी और सुकेंद्रकी। इन दोनों को एक साथ रखना कोशिकीय संगठन के आधार पर किए जाने वाले वैज्ञानिक वर्गीकरण को गलत साबित कर देगा।

दूसरी बड़ी समस्या पोषण की विधि और पारिस्थितिकीय भूमिका को लेकर होगी। कुछ एककोशिकीय जीव स्वपोषी होते हैं और पारिस्थितिकीय तंत्र में उत्पादक की भूमिका निभाते हैं, जबकि कुछ विषमपोषी होते हैं और उपभोक्ता अथवा अपघटक के रूप में कार्य करते हैं। इन सभी को एक जगत में रखने से उनकी पारिस्थितिकीय भूमिकाओं का अंतर समाप्त हो जाएगा।

अंत में, यह आनुवंशिक समानता और वंशक्रम के सिद्धांत के विरुद्ध होगा। जीवों की समान विशेषताएँ यह दर्शाती हैं कि वे एक ही पूर्वज से विकसित हुए हैं, परंतु सभी एककोशिकीय जीवों का वंशक्रम और डीएनए समान नहीं है। अतः इन्हें एक साथ रखना उनके वास्तविक विकासशील संबंधों को छिपा देगा।