जनपदों और महाजनपदों ने दो प्रकार की शासन प्रणालियों का विकास किया: राजतंत्रात्मक और गणतांत्रिक।

अधिकांश महाजनपदों में राजतंत्रात्मक शासन प्रणाली थी, जहाँ राजा सर्वोच्च अधिकारयुक्त होता था और उसका पद सामान्यतः वंशानुगत होता था। राजा के प्रमुख उत्तरदायित्व कर संग्रह, शासन व विधि व्यवस्था बनाए रखना, दुर्ग बनवाना तथा सैन्य-बल का संचालन करना था।

दूसरी ओर, वज्जि और मल्ल जैसे महाजनपद गण अथवा संघ के रूप में कार्य करते थे। इनमें सभा अथवा समिति को अधिक शक्तियाँ प्राप्त थीं, जो मतदान द्वारा निर्णय लेती थी और राजा का चयन भी करती थी। इनकी शासन-प्रणाली को गणतांत्रिक प्रणाली या 'प्रारंभिक गणराज्य' कहा जाता है।